동국대가 지난 97년 일산 동국대 병원 인근 식사동에 땅 1만1448㎡를 '교육용'으로 매입한 후, 2005년 교육부의 승인을 얻어 '수익용'으로 변경했다는 사실이 경향일보에 의해 보도(9월 15일자 1면, 3면)되었다. 이는 소위 '신정아게이트'와 관련하여 교육부가 특정 대학에 특혜를 줬다는 의혹을 사기에 충분하다는 게 관계자들의 반응이다. 경향신문은 신정아씨의 동국대 교수 임용 사흘 전인 2005년 8월 말 교육부가 동국대 소유 경기도 일산의 812－2번지 등 6개필지 땅 11448㎡를 수익용으로 용도 변경해줌으로써 동국대가 시세차익을 남겼다고 전했다. 또 용도 변경 이전 이 부지의 땅값이 50만~100만원대였던 것이 평당 500만원에서 최고 1300만원에 달해 동국대는 결국 최소 150억원, 최대 400억여원의 차익을 얻었다고 보도했다. 경향신문은 당시 교육부장관이 변실장과 알고 지낸 김진표 대통합민주신당 정책위의장인 점 등으로 미뤄 용도변경에 변실장이 개입했을 가능성을 제기했다.그러나 동국대의 법인 사무처 박진수계장은 "경향신문의 잘못된 보도"라며 "교육인적자원부의 홈페이지에 게재된 해명자료로 답변을 대신한다"고 말해 구체적 답변은 기피했다. 교육인적자원부 홈페이지의 해명자료에 따르면 용도 변경된 땅은 동국대 장기발전계획에 따라 일산 불교병원이 건립되면서 분리된 격리 부지이고 입지여건상 상습 교통 정체구역과 인접하는 등 교육용으로 활용이 현실적으로 불가능하다는 용도 변경 신청사유가 인정되고, 또한 교육목적에 직접 사용되지 않는 유휴 교육용재산을 수익용으로 용도변경하여 수익을 창출하고 그 수익을 학교교육에 지원하는 것이 타당하다고 판단되어 용도변경을 허가하였다고 주장했다.
