[고양신문] 중소기업의 절세 방법 중 가장 효과적이고 비교적 쉽게 활용이 가능한 부분이 기업부설연구소 또는 전담부서 설립을 통한 연구인력개발비 세액공제다. 연구개발비로 지출한 비용에 대해서는 조세특례제한법 제10조에 의해 세액공제를 해주고 있기 때문이다. 

하지만 과세당국은 기업이 연구인력개발비로 세액공제를 받는 내용에 대해 정당성 여부를 서면으로 검토하거나 세무조사 시행 시에 해당 내용을 중점점검해서 적법한 공제가 아니라고 판단되는 경우에는 세금을 추징한다. 특히, 실제 연구개발 목적이 아닌 연구인력개발비 세액공제만을 위해 기업부설연구소 또는 전담부서를 설립한 경우에는 세금을 추징당할 수 있다. 

연구인력개발비 세액공제와 관련된 세무조사는 주로 인건비에 집중되고 있다. 왜냐하면 지출금액이 가장 크고 지출의 성격이 연구개발 성격의 인건비인지 아닌지에 대해 자의적 판단이 개입될 여지가 크기 때문이다. 

과세당국은 세무조사 시 연구인력개발 부서의 연구소장이나 전담부서장의 이력서, 연구인력개발 부분에 종사하는 직원들의 타임시트, 연구개발 성과표등을 요구한다. 만일 연구소장이나 전담부서장이 다른 부서장을 겸직하고 있거나 전담요원이 타부서에서도 근무하고 있다면 해당인건비 전체가 연구인력개발비로 인정받지 못할 가능성이 매우 높다.  

연구전담부서와 타부서간에 전출입이 빈번한 경우에도 해당인원이 연구전담요원이 아닌 것으로 오해받기 쉽다. 따라서 전출입의 필요성과 그 근거를 기록한 내부문서를 구비해 놓는 것이 좋다. 

연구전담부서 등록 인력은 관련법상 일정수준 이상의 학력을 요구하고 있다. 이러한 요건을 충족했는지 여부를 확인하기 위해 전담요원들의 이력서를 요구할 수 있다. 전담요원이 연구와 전혀 무관한 학교를 졸업자이거나 전공자라면 조사관들은 의심의 시선을 보내게 된다. 따라서 그러한 인력이 있다면 해당 전담요원이 왜 연구전담부서에 근무하게 되었는지에 대한 소명 자료를 미리 구비해 놓아야 한다. 이때 전담요원의 해당분야에서 취득한 자격증 같은 것을 비치해 놓으면 좋다. 이미 퇴사한 직원이 있는 경우에도 퇴사직원의 이력서를 세무조사 전에 미리 점검해 놓아야 한다. 

연구인력개발비 세액공제는 여타의 세액공제 보다 더 많은 세무조사를 받고 세금추징 또한 가장 많이 당하고 있다는 사실을 반드시 숙지할 필요가 있다. 혹시 과거에 과도하게 세액공제를 받았다면 세무조사에 대비해 가급적 보수적으로 세액공제를 받으라는 조언도 덧붙이고 싶다.  

이봉구 세무법인 석성 경기북부지사 대표